A mudança da sede da Fenacon para Brasília era uma questão de tempo. Estar nas imediações do Congresso Nacional, onde são tomadas as decisões que mudam os rumos do País, passou a ser uma necessidade para que a federação pudesse acompanhar mais de perto os processos de interesse dos sindicatos filiados. A troca de endereço deu-se em fases. Em outubro de 2001, ainda na gestão de Pedro Coelho Neto, a federação alugou uma sala pequena, cerca de 30 metros quadrados, no Setor Comercial Norte da cidade. O espaço funcionou como uma subsede, em paralelo com o escritório paulista.
No ano final de sua gestão, em 2004, Coelho adquiriu três salas no moderno edifício Via Capital, no Setor Bancário Norte, a menos de três quilômetros da Praça dos Três Poderes. Quando Carlos José de Lima Castro assumiu a presidência da Fenacon, a federação já estava de casa nova. Apesar de morar em São Paulo, o novo presidente aplaudiu a mudança da sede para o Distrito Federal.
“A proximidade da Fenacon com o Congresso Nacional permitiu um debate mais franco com os parlamentares sobre as propostas relativas às áreas fiscal e tributária que estavam em discussão na Câmara dos Deputados e no Senado.”
"Nota-se uma total insensibilidade dos nossos governantes. Falta-lhes humildade e sobra prepotência. Vivem num mundo à parte. São incapazes de procurar soluções junto à sociedade organizada" - Pedro Coelho Neto, presidente da Fenacon (2001-2003), em editorial na revista Fenacon em Serviços de fevereiro de 2002, sobre a sanha arrecadatória do governo.
O desenvolvimento da entidade levou Castro a ampliar ainda mais a sede, conforme relatado na revista Fenacon em Serviços de maio de 2007.
“Para enfrentar as novas demandas, a Fenacon adquiriu três novas salas conjugadas, o que significou uma ampliação de 304m² para 450m² em sua sede. Graças a isso, foi possível aumentar o espaço para as reuniões, instalar uma sala para o vice-presidente institucional e outra para os demais membros da diretoria da entidade e, ainda, instalar adequadamente as áreas jurídica e de comunicação. Uma vez adquiridas as novas unidades, fez-se necessária uma ampla reforma, para integrar as antigas instalações e as novas. Finalmente, em 17 de maio de 2007, a Fenacon inaugurou a ampliação de sua sede em solenidade com a presença dos dirigentes dos sindicatos filiados.”