Na histórica assembleia que criou a Fenacon, em 26 de abril de 1991, o Sescon do Rio Grande do Sul, na figura do empresário contabilista, Ivan Carlos Gatti, foi protagonista. Ao lado de outros sete sindicatos estaduais, o sindicato gaúcho assinou a ata de fundação da federação. Por questões políticas, no entanto, seus dirigentes à época preferiram manter-se filiados à Fecomércio do estado. Foi uma batalha jurídica só encerrada quando o Conselho de Representantes da Fenacon decidiu excluir o estado da jurisdição da entidade.
Mais de duas décadas e meia depois, essa separação terminou. Em 9 de novembro de 2017, em uma decisão também histórica, o sindicato gaúcho se reuniu e, com a concordância de 97% de seus associados, decidiu desfiliar-se da Fecomércio-RS e reingressar no sistema Fenacon. Apesar de associado, o Sescon do Rio Grande do Sul era o único entre todos os estados que não era filiado à federação nacional.
Mário Berti, presidente da Fenacon à época, disse que o Sescon do Rio Grande do Sul voltava à casa de onde não deveria ter saído e chegava à federação como o segundo sindicato mais importante “por suas ações, atividades e poderio intelectual”. Por ser associado à Fenacon, o sindicato, que completava então 30 anos de vida, já contribuía para a construção de agendas propositivas. No entanto, por força legal, tinha limitações.
No dia do anúncio da novidade, Diogo Chamun, então presidente do Sescon do Rio Grande do Sul, afirmou que a migração foi um resgate natural de sua história.
“Agradecemos a Fecomércio-RS pelo zelo que teve com o Sescon-RS. No entanto, era preciso dar essa ajustada no rumo de nossa entidade, estar de corpo e alma na federação onde todos falam a mesma língua e têm as mesmas pautas. E essa casa se chama Fenacon.”
"Depois da Lei Geral, o setor produtivo brasileiro deu um grande salto. Com a regulamentação do Simples Nacional não foi diferente. Após entrarem em vigor, mais de 1 milhão de pequenos negócios foram abertos por ano no Brasil e 11 milhões de empregos formais foram criados. É uma grande conquista! (...) O trabalho das micro e pequenas empresas representa o sustentáculo social e econômico do Brasil. A Fenacon não ficou e não ficará de fora de nenhum debate que envolva a categoria" - Mário Elmir Berti, presidente da Fenacon em editorial na revista da Fenacon de março de 2018.